До января 2011 года Следственный комитет, созданный в 2007 году, существовал при прокуратуре, а глава комитета являлся заместителем генпрокурора. В сентябре 2010 года президентским указом СК был выделен в самостоятельную структуру.

На протяжении всего существования СК при прокуратуре между двумя ведомствами продолжалась борьба за распределение полномочий. По мнению Чайки, вина за сложившуюся ситуацию лежит на законодателях, которые нечетко расписали баланс полномочий между ГП и СК.

Последнее по времени публичное противостояние между ведомствами началось в феврале 2011 года, когда СК и ФСБ обвинили руководство подмосковной прокуратуры в покровительстве организаторам незаконного игорного бизнеса. Заведенные следователями дела неоднократно закрывались прокурорами, что привело к публичному скандалу, в который был вынужден вмешаться президент РФ Дмитрий Медведев.

Генпрокуратура самостоятельно провела служебную проверку, по итогам которой были уволены глава подмосковной прокуратуры Александр Мохов, его первый заместитель Александр Игнатенко, ответственный за надзор за деятельностью подмосковного управления СК Дмитрий Урюмов, а также прокуроры Клина и Ногинска. Все отправленные в отставку прокуроры, за исключением Мохова, были уволены и из правоохранительных органов.